1985年全国自然科学名词审定委员会成立之初建立了其办事机构，即事务中心的前身——全国自然科学名词审定委员会办公室，主要负责全国科技名词委日常的行政事务，经办名词的审定工作、术语学研究工作，创办了内部刊物《自然科学术语研究》，承担了全国科技名词委及各审定分委员会的各项组织、协调和实际运行工作。

1995年9月，为了更好地理顺全国自然科学名词审定委员会的工作体制问题，经中国科学院商原国家科委并报中央机构编制委员会办公室批准，成立“全国自然科学名词审定委员会事务中心”。

1996年12月，中央机构委员会编制委员会办公室批准“全国自然科学名词审定委员会”更名为“全国科学技术名词审定委员会”，事务中心也随之更名为“全国科学技术名词审定委员会事务中心”。